非法吸收公众存款罪与集资诈骗罪在犯罪构成上存在许多重合之处，都是向社会不特定公众筹集资金，都破坏了金融管理秩序。两者的区别主要表现在犯罪的主观故意不同，集资诈骗罪是行为人采用虚构事实、隐瞒真相的方法意图永久非法占有社会不特定公众的资金，具有非法占有的主观故意；而非法吸收公众存款罪行为人只是临时占用投资人的资金，行为人承诺而且也意图还本付息。在集资诈骗罪中，行为人也往往承诺归还本金并许以高额利息或者其他名义的回报，但这只是行为人实施诈骗的手段，并不打算真正还本付息。非法吸收公众存款罪的行为人也往往没有归还投资人的本息，造成投资人损失，但这往往是行为人经营失败造成的，并非行为人的本意。所以，对非法吸收公众存款罪和集资诈骗罪，要透过现象看本质，分析行为人究竟有没有非法占有的目的。尤其是对于一些单位实施的犯罪，更是要注意考察单位实施犯罪行为的动机、单位的经济能力、经营状况，筹集的资金的实际用途和去向，最后是否实际归还，如果不能归还，造成不能归还的原因何在，以及案发后有无归还能力，要结合这几个方面综合考察。
从筹集资金的目的和用途看，如果向社会公众筹集资金的目的是为了用于生产经营，并且实际上全部或者大部分的资金也是用于生产经营，则定非法吸收公众存款罪的可能性更大一些；如果向社会公众筹集资金的目的是为了用于个人挥霍，或者用于偿还个人债务，或者用于单位或个人拆东墙补西墙，则定集资诈骗罪的可能性更大一些。同样是用于经营活动，还可以进一步分析经营活动的性质，如果向社会公众筹集的资金是用于风险较低、较为稳健的经营，则定非法吸收公众存款罪的可能性更大一些，如果向社会公众筹集的资金是用于风险很高的经营活动，则定集资诈骗罪的可能性不能排除。
从单位的经济能力和经营状况来看，如果单位有正常业务，经济能力较强，在向社会公众筹集资金时具有偿还能力，则定非法吸收公众存款罪的可能性更大一些；如果单位本身就是皮包公司，或者已经资不抵债，没有正常稳定的业务，则定集资诈骗的可能性更大一些。
从造成的后果来看，如果非法筹集的资金在案发前全部或者大部分没有归还，造成投资人重大经济损失，则定集资诈骗罪的可能性更大一些，如果非法筹集的资金在案发前全部或者大部分已经归还，则定集资诈骗罪的余地就非常小，一般应定非法吸收公众存款罪。因为行为人在案发前归还投资款的行为就可以推定行为人没有非法占有的故意。如果实际没有归还，还要进一步考察没有归还的原因，如果筹集的资金全部或者大部分投入了生产经营，只是因为经营失败而造成不能归还，则定非法吸收公众存款罪的可能性更大一些；如果不是因为经营失败而造成不能归还，而是因为挥霍等其他原因造成不能归还，则定集资诈骗罪的可能性更大一些。即使是因为经营失败造成资金不能归还，如果是用于风险非常高的经营活动导致经营失败不能归还，还是存在定集资诈骗罪的余地，如果是用于一般的经营活动导致筹集的资金不能归还，则定非法吸收公众存款罪的可能性更大一些。
从案发后的归还能力看，如果案发后行为人具有归还能力，并且积极筹集资金实际归还了全部或者大部分资金，则具有定非法吸收公众存款罪的可能性；如果案发后行为人没有归还能力，而且全部或者大部分资金没有实际归还，则具有定集资诈骗罪的可能性。当然，案发后是否归还影响定性的主要是一些行为本身就介于非法吸收公众存款和集资诈骗两者之间的案件。如果根据案发前的相关事实和证据，已经能够确定行为的性质是非法吸收公众存款还是集资诈骗，则案发后是否归还赃款的因素一般不能影响定性，而只能作为一个量刑因素考虑。