侵犯商业秘密罪与假冒注册商标罪、假冒专利罪、侵犯著作权罪有相似之处，都侵犯了知识产权，主要区别在于：首先，侵犯商业秘密罪侵犯的是商业秘密；而其他犯罪侵犯的是商标权、专利权与著作权。其次，侵犯商业秘密罪行为主要表现为以不法手段获取商业秘密，或者非法披露、使用或允许他人使用商业秘密；而其他犯罪主要表现为假冒行为。对于以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取他人商业秘密，然后使用该商业秘密制造产品并假冒他人注册商标的，原则上应以数罪论处。对于单纯非法使用他人商业秘密制造产品并假冒他人注册商标的，应认定为一行为触犯了数罪名，以一个重罪论处。
公司、企业工作人员因为职务或者业务知悉商业秘密内容后，擅自将商业秘密出卖给他人，并将非法所得据为已有或者使第三者所有的，似应根据情节与主体身份，认定为贪污罪或者职务侵占罪。