虚开增值税专用发票犯罪手段也是多种多样的，主要表现为以下五种：
一是开具“大头小尾”的增值税专用发票。这种手段是在开票方存根联、记帐联上填写较小数额，在收票方发票联、抵扣联上填写较大数额，利用二者之差，少记销项税额。开票方在纳税时出示记帐联，数额较小，因而应纳税额也较少；收票方在抵扣税款时，出示抵扣联，数额较大，因而抵扣的税额也较多。这样开票方和收票方都侵蚀国家税款。
二是“拆本使用，单联填开”发票。开票方把整本发票拆开使用，在自己使用时，存根联和记帐联按照商品的实际交易额填写，开给对方的发票联和抵扣联填写较大数额，从而使收票方达到多抵扣税款，不缴或少缴税款的目的，满足了收票方的犯罪需要，促进了自己的销售。
三是“撕联填开”发票，即“鸳鸯票”。蓄意抬高出口货物的进项金额和进项税额。
四是“对开”，即开票方与受票方互相为对方虚开增值税专用发票，互为开票方和受票方。
五是“环开”，即几家单位或个人串开，形同环状。值得注意的是在虚开增值税专用发票罪中，无论是在真的增值税专用发票上虚开，还是在伪造的增值税专用发票上虚开，只要达到法律规定的定罪标准，都应以虚开增值税专用发票罪定罪处罚。