一、本罪与非法搜查罪的界限。非法搜查罪的对象也包括他人的住宅，当行为人非法搜查他人住宅时，和非法侵入住宅罪一样，也侵犯了他人的居住安全权利。但两罪不同的是，非法搜查罪也可以是对人身的搜查，非法侵入住宅则不直接侵犯人身自由；非法搜查罪只能以作为形式构成，非法侵入住宅罪则既可由作为形式构成，也可以以“拒不退出”即不作为的形式构成。实践中应当注意，如果行为未经同意强行进入他人住宅进行非法搜查的，对行为人应以其目的行为即非法搜查罪定罪处罚。
二、本罪与其他犯罪的罪数问题。非法侵入住宅的行为往往与其他犯罪行为结合在一起，如入室盗窃、抢劫、强奸、杀人等。对这种情况，应以行为人实施的目的行为定性，而不另定非法侵入住宅罪实行数罪并罚。