罪与非罪的区分
非法持有、私藏枪支、弹药罪是危害公共安全的犯罪，故立法上没有规定数额、情节的限制。但是，根据本法第13条的但书规定，情节显著轻微危害不大的，则不应认为是犯罪，可以依照其他有关规定处理。同时，在区分罪与非罪时，要注意以下两种情况:
(1)要把非法持有枪支、弹药罪与未携带持枪证件而携带依法配备、配置枪支、弹药的行为区别开来。后者显然也违反了枪支管理规定，根据《中华人民共和国枪支管理法》第25条的规定，对未携带持枪证件的行为，由公安机关扣留其枪支、弹药，而不能认定为本罪。
(2)要把本罪与在禁止携带枪支、弹药的区域、场所携带依法配备、配置的枪支、弹药的行为区别开来。后者根据《中华人民共和国枪支管理法》第44条的规定，应由公安机关对个人或者单位负有直接责任的主管人员或其他责任人员处以警告或者15日以下拘留，并没收其枪支、弹药，可以并处5000元以下罚款;但不构成犯罪。
本罪与盗窃、抢夺枪支、弹药、爆炸物罪的界限
两者的主要区别在于 (1)犯罪对象不尽相同。本罪的犯罪对象是枪支、弹药，不包括爆炸物;盗窃、抢夺枪支、弹药、爆炸物罪的犯罪对象包括枪支、弹药、爆炸物在内。(2)客观方面的行为方式不同。本罪表现为非法持有、私藏枪支、弹药的行为;盗窃、抢夺枪支、弹药、爆炸物罪表现为盗窃、抢夺枪支、弹药、爆炸物的行为。
非法持有枪支、弹药罪与私藏枪支、弹药罪的界限
其主要区别在于客观方面的表现不同。前者表现为拥有、携带、佩带或者以其他方式公然拥有、持有枪支、弹药的行为;后者表现为私自藏匿枪支、弹药的行为。前者行为是公开的方式，后者行为则是秘密的方式。
两者的犯罪主体也有区别，后者的主体只能是依法配备、配置枪支弹药的人员，或者是曾经依法配备的人员.