实践中，计算巨额财产来源不明罪的犯罪数额，可按照以下公式进行：X=K＋Z－F－H－W.其中，“X”表示巨额财产来源不明罪的犯罪金额：“K”表示扣押财产：“Z”表示行为人以往的所有支出：“F”表示巨额财产来源不明罪以外的犯罪金额：“H”表示行为人合法收入；　“W”表示行为人违纪等非法所得金额。
　　在具体计算方法上，应注意以下问题：
　　1.应把国家工作人员个人财产和与其共同生活的家庭其他成员的财产、支出等一并计算，一并减去他们所有的合法收入。
　　2.行为人现有财产包括房产、家具、生活用品、学习用品及股票、债券、存款等动产和不动产；行为人的支出包括合法支出和不合法的支出，包括日常生活、工作、学习的消耗费用、罚款及向他人行贿的财物等；行为人的合法收入包括工资、奖金、稿酬、合法继承等法律和政策允许的各种收入。
　　3.如果遇到难以计算的情况，计算行为人合法收入时要采取就高不就低的原则，计算支出时要采取就低不就高原则，即采取有利于犯罪嫌疑人的原则。
    4.为了便于计算犯罪数额，对于行为人的财产和合法收入，一般可以从行为人有比较确定的收入和财产时开始计算。