（一）非法拘禁罪与非罪的界限
1．划清一般非法拘禁行为与非法拘禁犯罪。非法拘禁行为，只有达到相当严重的程度，才构成犯罪。因此，应当根据情节轻重、危害大小、动机为私为公、拘禁时间长短等因素，综合分析，来确定非法拘禁行为的性质。
 
2．划清违法拘捕与非法拘禁罪的界限。两者的区别主要在于违法拘留、逮捕是违反拘留、逮捕法规的行为，一般是司法人员在依照法定职权和条件的情况决定、批准、执行拘捕时，违反法律规定约有关程序、手续和时限，并不具有非法拘禁的动机和目的。如：一般的超时限报捕、批捕；未及时办理、出示拘留、逮捕证；未依法及时通知犯罪嫌疑人家属或单位；未先办理延期手续而超期羁押人犯的等，都不构成非法拘禁罪。因各种客观因素造成错拘、错捕的，也不构成犯罪。
 
（二）非法拘禁罪与刑讯逼供罪的界限
两者都属于侵犯人身权利的犯罪，实践中往往互相牵连，容易混淆。两者的区别在于：
1．主体要件不同。前者是一般主体，后者只能是国家司法工作人
2．犯罪对象不同。前者是一般公民，后者只能是被控有违法犯
罪行为的犯罪嫌疑人
3．犯罪行为表现和目的不同。前者是以拘禁或者其他强制方法非法剥夺他人人身自由，后者是对犯罪嫌疑人使用肉刑或者变相肉刑逼取口供。如果两罪一起发生，互有关联的，一般应按牵连犯罪从一重罪处理。非国家工作人员有类似“刑讯逼供”等关押行为的，不定刑讯逼供罪，可以非法拘禁罪论处。
 
（三）非法拘禁罪的一罪与数罪
1．非法拘禁罪与故意杀人罪、故意伤害罪、刑讯逼供罪及暴力取证罪的牵连、竞合
非法拘禁罪与故意杀人罪、故意伤害罪的牵连，通常表现为在非法拘禁过程中，行为人对被害人进行暴力加害，或者行为人用非法拘禁方法故意使被害人因冻饿等原因而死亡、受伤等。对于在非法拘禁中对被害人加害的情况，应当注意，本条第2款明确规定，非法拘禁“使用暴力致人伤残、死亡的”，依照故意伤害罪、故意杀人罪定罪处罚。因此，一方面对于这种情况只应按一重罪即故意伤害罪或故意杀人罪定罪处罚，另一方面，要注意其适用的条件：必须是在非法拘禁中“使用暴力”且“致人伤残、死亡”。这里的“伤残”不包括轻伤，而是指重伤，但不限于肢体残废的情形，而是包括各种对于人身健康有重大伤害的情形在内。至于上述后一种情况，即行为人目的即在于故意伤害、故意杀害被害人，只不过其方法采用了非法拘禁而已，自然应按牵连犯的处罚原则，从一重罪定罪处罚，即按故意伤害罪或故意杀人罪定罪处罚。非法拘禁罪与刑讯逼供罪、暴力取证罪形成牵连犯形态或想象竞合犯形态的情况，表现为司法工作人员非法将犯罪嫌疑人、被告人或证人拘禁，在此过程中又进行刑讯逼供或暴力逼取证言的行为。对于这种情形，应按刑讯逼供罪或暴力取证罪对行为人定罪处罚。当然，如果行为人在拘禁他人进行刑讯逼供、暴力逼取证言过程中致人伤残、死亡的，应以故意伤害罪、故意杀人罪定罪处罚。
 
2．非法拘禁罪与妨害公务罪的想象竞合
妨害公务罪，是指以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务、以暴力、威胁、方法阻碍全国人大和地方各级人大代表依法执行代表职务，或者在自然灾害和突发事件中，以暴力、威胁方法阻碍红十字会工作人员依法履行职责的行为。除故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务造成严重后果的行为构成妨害公务罪，不需要“暴力、威胁方法”外，暴力、威胁方法是其他妨害公务行为构成犯罪必备的行为方法条件。妨害公务罪中的暴力，一般是指对国家机关工作人员等特定人员的身体实行打击或强制，例如殴打、捆绑等。司法实践中，往往有以捆绑等非法拘禁的方法妨害公务的案件发生。这实际上是一行为同时触犯两个罪名，属于想象竞合犯，对此应择一重罪从重处罚。但是，本法对非法拘禁罪和妨害公务罪基本构成的法定刑设置基本相同，这就涉及到究竟应以哪个罪名对行为人定罪处罚的问题。我们认为，应以妨害公务罪定罪处罚，这样可以更好地反映行为的整体性质和本质特征。当然，如果在非法拘禁妨害公务中过失致人重伤或死亡的，应当依照非法拘禁罪定罪处罚，因为本条对非法拘禁致人重伤、死亡的规定了结果加重犯的法定刑（不过，如是故意致人重伤、死亡，则对行为人应定故意伤害罪或故意杀人罪，不再以非法拘禁或妨害公务罪定性）。
 
3．非法拘禁罪与暴力干涉婚姻自由罪的想象竞合
暴力干涉婚姻自由罪与非法拘禁罪的竞合问题，在表现上也大致相同于妨害公务罪的情况，所不同的是，暴力干涉婚姻自由罪在我国刑法上规定为“告诉的才处理”，而非法拘禁罪却无此规定，这样，当两个罪名在特定情况下发生竞合关系时，应分不同情况予以分析：
（1）如果以非法拘禁干涉他人婚姻自由，尚未造成严重后果，且被害人未向司法机关告发的，不宜追究被告人的刑事责任。由于本法规定了告诉才处理的原则，在处理暴力干涉婚姻自由罪与非法拘禁罪的想象竞合时，如果当事人未告诉，就不宜按通常的处理原则适用非法拘禁罪；如果当事人已告诉，则应按想象竞合犯处理，以非法拘禁罪论处。
 
（2）如果以非法拘禁方法干涉他人婚姻自由，引起被害人死亡的，应以想象竞合犯的原则追究被告人的刑事责任。这是因为，本法第257条规矩，暴力干涉他人婚姻自由引起被害人死亡的，不在“告诉的才处理”之列。因此，出现这种情况的，应以想象竞合犯的原则处理。不过本条规定非法拘禁致人死亡的，处10年以上有期徒刑，本法第257条规定暴力干涉婚姻自由致人死亡的，法定刑为2年以上7年以下有期徒刑，二者相比较，前者为重，因此应适用非法拘禁罪的条款。但是，考虑到前者重得多，而且考虑到本法第257条的立法精神，在适用非法拘禁“致人死亡”的法定刑时，可适当取其轻者。
 
（3）以非法拘禁方法干涉他人婚姻自由，致人重伤的，应视当事人是否告诉而分别处理：第一，当事人向司法机关告诉的，应按想象竞合犯的原则，以非法拘禁罪的基本构成的法定刑追究被告人的刑事责任，而不能以非法拘禁“致人重伤”的法定刑处理。这时因为本法第257条虽未指明暴力干涉婚姻自由致人重伤的应如何处理，但从该条第2款的规定看，只把“致使被害人死亡”这一情节作为加重构成，所以根据其立法原意，致人重伤的，也包括在本法第257条第1款即暴力干涉婚姻自由罪的基本构成中，属于“告诉的才处理”的范畴，第二，如果当事人未告诉的，就不应追究行为人的刑事责任。