（一）侵犯商业秘密行为的证据认定问题
⑴公诉机关指控被告人侵犯商业秘密的举证难。
这种举证难主要表现在两个方面：一方面表现为权利人的不配合。往往权利人对其拥有的商业秘密不愿提供作为证据，更不愿将技术信息送关相关部门进行鉴定，这就造成行为人侵犯商业秘密证据上存在问题。
 
⑵对行为人泄露的信息是否属商业秘密的鉴定问题。
如果具备鉴定的条件的话，有关技术信息应当委托专业权威部门进行鉴定。因为在审查行为人泄露的技术信息是否属商业秘密时，往往会涉及很复杂的技术问题，法官对这类专业技术又知之甚少，如何来认定该专业技术属商业秘密。在这种情况下，专业权威的鉴定就显得尤为重要。因为专业人员对专业技术的国内外最新情况比较了解，其通过对资料检索并进行对比分析后得出的结论，具有一定的科学性和客观性。法官是中立裁判者，据以定案的鉴定结论必须进行当庭质证并听取双方意见后，结合其他证据进行全面审查判断后决定是否采信。
 
（二）关于损失的计算问题
中国刑法规定“给商业秘密的权利人造成重大损失”才构成犯罪，如何认定“重大损失”、什么是“重大损失”便成为区分罪与非罪的关键。“造成重大损失”是构成侵犯商业秘密罪必备要件。在刑事诉讼中，重大损失一般是指被害人由于犯罪人的犯罪行为而遭受的物质损失，就侵犯商业秘密而言，刑法未对“重大损失”的含义明确界定和说明。在司法实践中，商业秘密的“重大损失”的计算大致有以下几种：
 
⑴以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑的依据。
商业秘密一旦被泄露，权利人的损失往往是无法弥补的。在刑事审判中普遍认为这种损失应当指实际损失，而实际损失既包括直接损失和权利人必然失去的现实利益。而且侵犯商业秘密给权利人造成的损失不能仅仅以数额为标准，应当在重点考虑研制开发成本、利用周期、成熟程度、市场前景等直接因素的基础上，综合考虑各种相关因素，如竞争优势地位的丧失、商业信誉的下降等
 
⑵以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失。
这种损失的计算以侵权人未再向他人泄露为前提。对于将商业秘密出卖给他人的，以其出卖收入加上买受人使用后的获利额为损失额；使用商业秘密进行生产经营活动的，以其获得的利润为损失额。在计算侵权人所获得的利润时，不能简单地以销售额为获利额，也不能以已生产的产品总价款乘以平均利润率为获利额。一般情况下，以销售额乘以平均利润率为获利额较为妥当。
 
⑶以不低于商业秘密使用许可的合理使用费作为损失。
这是一种以正常许可使用的费用推定损失额的计算法，但并不意味着侵权人就此取得了该商业秘密的合法使用权。同时值得一提的是，这也不是简单地将商业秘密的自身价值等同于损失。商业秘密是无形财产，其与有形财产有重大区别。侵权人使用商业秘密的同时，并没有排斥合法权利人的使用。况且，大多数情况下，侵权人实施盗窃等不法行为取得商业秘密后，不久就被发现、制止，给被害人造成的损失远远小于商业秘密自身的价值。