根据刑法第209条第3款之规定，犯本罪的，依照第1款的规定处罚，即处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处二万元以上二十万元以下罚金，数量巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；数量特别巨大的，处七年以上有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。刑法第211条规定，单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照个人犯罪的规定处罚。
加重处罚事由犯非法出售用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪而数量巨大的，是本罪的加重处罚事由。
特别加重处罚事由犯非法出售用于骗取出口退税、抵扣税款发票而数量特别巨大的，是本罪的特别加重处罚事由。