本罪与投放危险物质罪的界限。
投放危险物质罪是指故意投放有毒性、放射性、传染病病原体等危险物质，危害公共安全的行为。投放危险物质罪中的投放有毒性物质的行为和生产、销售有毒、有害食品罪在客观方面都使用了毒物，并且均危害了公共安全，有一定的相同或者相似之处。但它们的区别也是明显的，主要是：
（1）犯罪客体不尽相同。投放危险物质罪的客体为公共安全；本罪的客体为复杂客体，具体包括国家对食品卫生的监督管理秩序和广大消费者即不特定多数人的生命、健康权利。
（2）犯罪客观方面不尽相同。投放危险物质除了可以在食品中投放有毒物质外，也可以在其他场合投放有毒物质；本罪在客观方面表现为在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料或者销售明知掺有有毒、有害的非食品原料的食品。
（3）犯罪主体不尽相同。投放危险物质的主体为一般主体且只能是自然人，14周岁以上的人可以构成投放危险物质罪；本罪的主体为生产者、销售者，既可以是年满16周岁的自然人，也可以是单位。