（一）本罪与走私、贩卖、运输、制造毒品罪及窝藏毒品罪的界限
行为人实施走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品的行为都是以非法持有为前提的。在司法实践中，有证据能够证实已构成走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品罪中的任何一种罪，即以该罪论处，而不应再定非法持有毒品罪。在犯罪分子拒不供认，又无证据认定构成走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品罪中任何一种罪的情况下，才能认定其构成非法持有毒品罪。另外，还须注意的是，构成非法持有毒品罪有法定的数量标准，达不到法定标准的只能按违法处理。然而构成走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品罪只要有行为即构成犯罪，无需毒品数量达到较大。
（二）本罪与盗窃、抢夺、抢劫罪的界限
行为人在实施盗窃、抢夺、抢劫他人财物时附带获取毒品的，如果在来不及清理赃物或不知犯罪所得中有毒品的，应按盗窃罪或抢夺罪或抢劫罪定罪处罚；如果明知获取的赃物中有毒品而非法持有的，应按盗窃罪或抢夺罪或抢劫罪和非法持有毒品罪实行数罪并罚。如果事先明知他人有毒品，而实施盗窃、抢夺、抢劫行为得手后又非法持有的，应以非法持有毒品罪认定。总之，根据其法律特征划清一罪与数罪的界限。
（三）从犯罪嫌疑人身上搜出的毒品属于运输毒品还是非法持有毒品
刑法中运输毒品行为是与走私、贩卖、制造毒品行为排列规定在一起，供选择适用的罪名，其社会危害性也应当与其他三种行为的危害性相当，因此处罚才能一致。只有当运输毒品成为走私、贩卖、制造毒品一个必不可少的中间环节时，也就是说缺少运输毒品就无法实施走私、贩卖、制造毒品时，运输毒品才具有与走私、贩卖、制造毒品相当的危害性，才可以同罚。而出于其它目的运输毒品时，比如出于吸食、窝藏目的而移动毒品，其行为的社会危害性显然要低于走私、贩卖、制造毒品的危害性，不能认定运输毒品罪。如果将运输的范围任意扩大，就会出现将无罪变为有罪、轻罪变成重罪的现象。勿将动态持有毒品等同于运输毒品。