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主观故意分为直接故意和间接故意。贪污罪的主观方面要求必须是直接故意，而且有非法占有公共财物的目的。
行为人明知自己利用职务之便所实施的行为会发生非法占有公共财物的结果，并且希望这种结果的发生。此外，贪污罪主观方面并不要求有特定的犯罪动机，行为人一旦故意实施了利用职务之便非法占有公共财物的行为，出于何种动机在所不问，都可以认定贪污罪。
 
举例：被告人李某作为工程项目领导小组成员之一，为占有征迁补偿费中本应该归村集体的安置补偿费，明知安置补偿费是否发放给承包户所有，应当召开村民大会决定，但其为占有安置补偿费，在2011年违反《中华人民共和国村民委员会组织法》第二十四条第一款第七项的规定，召开了村二、四、五组的村民代表大会，会上决议将安置费发放给承包户所有。李某根据此会议决议，签订了征迁补偿协议，领取了安置补偿费元。致使公共利益受到损失。
 
在审理中，法院认为因本案中侵犯的客体不明，即“安置费”是否是公款不明，所以不能认定存在明知是公款而非法占为己有的主观故意。