本罪与非罪的界限
其关键要查清行为人是否有主观罪过，是否实施了违反交通运输管理法规的行为，违反交通运输管理法规的行为与重大交通事故是否具有因果关系等。倘若没有违法行为或者虽有违法行为但没有因果关系，如事故发生纯属被害人不遵守交通规则，乱穿马路造成，或由自然因素，如山崩、地裂、风暴、洪水等造成，则就不应以本罪论处。当然，事故发生并不排除可能存在多种原因或有其他介入因素，这里就更应该认真分析原因及其介入行为对交通事故发生的作用。只有查清确实与行为人的违规行为具有因果关系，则才可能以本罪论处，否则，就不应以该罪治罪而追究刑事责任。例如，行为人高速超车后突然发现前方几十米处有人穿越马路，便打方向盘试图避开行人，但出于车速过快，致使车冲入人行道而将他人压成重伤。此时，行人穿越马路作为介入因素仅是发生本案的条件，肇事的真正原因则是违章超速行车，因此应当认定行为与结果具有因果关系从而可以构成本罪。
 
与其他罪名的界限
本罪与重大飞行事故罪、铁路运营安全事故罪的界限
本罪与重大飞行事故罪、铁路运营安全事故罪同属重大交通肇事的犯罪。客体均为交通运输安全，主观上也都出于过失，客观上也是都是以违反保障交通运输安全管理的规章制度并造成严重后果为要件。其区别主要是：（1）主体不同。本罪的主体为一般主体；而后二罪，主体为特殊主体，即分别为航空人员与铁路职工，其他自然人一般主体不能构成这两种罪。（2）发生的场合不同。本罪主要发生在公路、水路交通运输过程中（不排除一般主体在交通运输领域外可以构成交通肇事罪）；而后二罪，分别发生在航空运输与铁路运输活动中。（3）违反的具体注意义务不同。根据运输领域不同（公路、水上），本罪行为人违反的可以是特定的注意义务，也可以使一般的注意义务；而后两罪违反的，只限于特定的注意义务。